روش نوین خوشه‌بندی داده‌های بیان‌ژنی

نویسندگان

  • شاهسونی, داوود دکترای تخصصی آمار کاربردی، دانشیار گروه آمار، دانشکده علوم ریاضی، دانشگاه صنعتی شاهرود، شاهرود، ایران.
  • فرهادی, زهره کارشناس ارشد آمار ریاضی، دانشکده علوم ریاضی، دانشگاه صنعتی شاهرود، شاهرود، ایران.
چکیده مقاله:

مقدمه: یکی از تحولات مهم علم ژنتیک، ظهور فناوری ریزآرایه و تولید داده‌های بیان‌ژنی است که امکان مطالعه رفتار هزاران ژن را به طور همزمان فراهم می‌کند. خوشه‌بندی یکی از روش‌های داده‌کاوی است که در تحلیل داده‌های بیان‌ژنی مورد استفاده قرار می‌گیرد. از آنجا که عملکرد روش‌های خوشه‌بندی به شدت تحت تأثیر داده‌ها است، نتیجه خوشه‌بندی همواره با عدم قطعیت روبه‌رو بوده و الگوریتمی وجود ندارد که بتوان آن را برای تمام داده‌ها، کارا قلمداد نمود. در این تحقیق، در تحلیل داده‌های بیان‌ژنی از خوشه‌بندی اجماعی (ترکیب نتایج چندین الگوریتم خوشه‌بندی) به جای اجرای یک الگوریتم منفرد استفاده شده است. روش: این مقاله عملکرد خوشه‌بندی اجماعی را بر روی سه مجموعه داده بیان‌ژنی Nutt-v3، Alizadeh-v2 وSU، توسط شاخص رند تعدیل یافته مورد ارزیابی قرار می‌دهد. برای پیاده‌سازی خوشه‌بندی اجماعی، دوازده خوشه‌بندی متفاوت حاصل از ترکیب چهار الگوریتم خوشه‌بندی با سه معیار عدم تشابه، به طور همزمان روی داده‌ها اجرا شده‌اند. پس از ادغام نتایج، میزان تطابق خوشه‌های تخمینی با گروه‌های واقعی توسط شاخص رند تعدیل یافته سنجیده شده است. نتایج: مقدار شاخص رند تعدیل یافته برای سه مجموعه داده Nutt-v3 ، ‌Alizadeh-v2 و SU، به ترتیب برابر 1، 0/9 و 0/58به دست آمد که حاکی از دقت بالای روش پیشنهادی در کشف ساختارهای نهفته در داده‌ها است. همچنین الگوریتم طراحی شده، توانست تعداد واقعی خوشه‌ها را بدون خطا تشخیص دهد. نتیجه‌گیری: خوشه‌بندی اجماعی روشی توانمند برای خوشه‌بندی داده‌های بیان‌ژنی است. با توجه به دقت این روش در کشف ساختارهای واقعی، می‌توان آن را با اطمینان جایگزین الگوریتم‌های خوشه‌بندی منفرد نمود.

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

مقایسه عملکرد روشهای نوین محاسباتی در خوشهبندی زیرحوضهها براساس خصوصیات مورفولوژیکی

چکیده : انتخاب و به کارگیری روش های خوشه بندی مناسب جهت تسهیل در انتخاب روش های مدیریتی، حفاظتی و یا شبیه ساز یهای هیدرولوژیکی و هیدرولیکی در زیرحوضه های مشابه، از اهمیت k- بالایی برخوردار م یباشد. در این راستا، توانایی سه روش خوشه بندی، تجزیه و تحلیل خوشه ای تجزیه و تحلیل خوشه ای فازی و شبکه عصبی کوهنن جهت خوشه بندی زیرحوضه های ،means یک حوضه مورد ارزیابی قرار گرفت. روش های پیشرفته محاسبا...

15 صفحه اول

بازیابی پروفیل بومی اتمسفر از دادههای مادون قرمز حرارتی طول موج بلند سنجنده ماهوارهای MODIS به جای دادههای رادیوسوند

در کاربردهای مختلف ارسال و دریافت اطلاعات سکوهای هواپایه و فضاپایه، شناخت پروفیل اتمسفری محلی بسیار پراهمیت است. در بسیاری از نواحی دستیابی به این پروفیل از دادههای محلی امکانپذیر نیست. هدف این پژوهش، محاسبه و بازیابی پروفیل اتمسفری در ایستگاه سینوپتیک مهرآباد تهران با استفاده از دادههای ماهوارهای سنجنده MODIS است. در این تحقیق، دادههای رادیوسوند برای دو فصل سرد)دی، بهمن و اسفند( و گرم )تیر، مر...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


عنوان ژورنال

دوره 3  شماره 3

صفحات  205- 213

تاریخ انتشار 2016-12

با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.

کلمات کلیدی

کلمات کلیدی برای این مقاله ارائه نشده است

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023